Sông bắt nguồn từ Campuchia, chảy vào Việt Nam tại xã Tân Khánh Hòa, huyện Giang Thành. Sông chảy theo hướng tây nam qua xã Phú Mỹ rồi đổ vào vũng Đông Hồ ở thành phố Hà Tiên, trước khi đổ ra vịnh Thái Lan.

Chiều dài sông trên lãnh thổ tỉnh Kiên Giang là 23 km. Sông Giang Thành nối liền với kênh Vĩnh Tế, tạo nên tuyến đường thủy quan trọng từ thành phố Châu Đốc đến thành phố Hà Tiên. Dòng sông cũng góp phần đưa nước ngọt từ sông Hậu về tỉnh Kiên Giang phục vụ cho sản xuất và sinh hoạt. Nơi sông Giang Thành và kênh Vĩnh Tế giao nhau gọi là ngã ba Giang Thành, là một thắng cảnh của vùng đất Hà Tiên xưa.